章太炎于1869年1月12日出生于浙江杭州府余杭县东乡仓前镇一个末落的书香门第。初名学乘，后改名炳麟，字枚叔，号太炎。早年又号“膏兰室主人”、“刘子骏私淑弟子”等。幼受祖父及外祖的民族主义熏陶，通过阅读《东华录》、《扬州十日记》等书，不满于满清的异族统治，奠定了贯穿其一生的华夷观念，并在后来与《春秋》的夷狄观以及西方的现代民族主义观点相结合，形成具有其个人特色的民族主义观。

　　1891年（光绪十七年），章太炎入杭州诂经精舍，师从俞樾、谭献等，关注经、子之学，初步确立对“今古文”界线的认识，此后几年陆续完成《膏兰室札记》、《春秋左传读》等。

　　1894年中日甲午战争之后，章太炎曾为强学会捐款，与康、梁通信。1897年到上海任《时务报》主笔。但终因不满康有为倡言建立孔教，自称“教主”，遭康氏门徒麦孟华等人的围攻殴打，愤而离泸返杭。此后与较为稳健的“中体西用”派王文俊、宋恕、陈虬等人相往来，创办“兴浙会”，为《实学报》和《译书公会报》撰稿。

　　1898年春，章太炎受张之洞邀请，赴武昌筹办《正学报》，不到一月即离去。七月，在沪任《昌言报》主笔，发表《商鞅》、《弭兵难》、《书汉以来革政之狱》等。戊戌政变后，章太炎因参加维新运动被清廷通缉，遂携家避难台湾，任《台湾日日新报》记者。1899年夏，东渡日本，与梁启超等人修好，并与孙中山相识。不久返回上海参与《亚东时报》编务工作。此时章太炎的排满观和古文经立场日益明确，在苏州出版了其著作《訄书》的第一版（木刻本），由梁启超题签。

　　1900年义和团事件发生后，晚清趋新的士大夫严复、汪康年、唐才常等在上海组织“中国议会”以挽救时局，章太炎应邀参加。在会上，章太炎主张驱逐满、蒙代表，并割辫明志。

　　1901年往苏州东吴大学任教，宣扬民族民主革命，引起江苏巡抚恩铭的注意。次年二月，为避恩铭等人追捕，再次流亡日本，暂寓横滨《新民丛报》社，与梁启超、孙中山相会。期间接触到西方哲学、社会学、文字学等领域的学术著作。当年夏回国后，重新改定《訄书》（即《訄书重订本》，1906年于东京出版铅印本，改用此前邹容的题签），并有撰写《中国通史》的计划，与梁启超同为现代中国“新史学”的奠定者。

　　1903年，因发表《驳康有为论革命书》，并为邹容《革命军》作序，触怒清廷，被捕入狱，这就是震惊中外的“苏报案”。1906年出狱后赴日本参加同盟会，主办《民报》，成立国学讲习会。清政府下令预备立宪。梁启超在《新民丛报》鼓吹立宪，反对暴力革命。章太炎在《民报》撰文予以批驳。由此展开了革命派与改良派的论战。章太炎主张“以国粹激励种性”，“以宗教发起热情”，其《民报》上的文字，乃是以佛理说革命，主张“革命之道德”。撰有《中华民国解》，为“中华民国”国号的创始者。